Study of Malassezia species from the skin of dogs and rabbits using routine and advanced molecular methods

Resumen

Las levaduras del género Malassezia forman parte de la microbiota normal de la piel de una amplia variedad de animales homeotermos. El género está constituido por 18 especies aisladas en animales domésticos, salvajes y en humanos. _x000D_ _x000D_ Una de las características principales del género Malassezia es su lipodependencia causada por la ausencia del gen codificante para una enzima sintasa de ácidos grasos. Por ello, estas levaduras son incapaces de sintetizar de novo ácidos grasos de cadena larga y dependen del hospedador como fuente externa de estos, presentando así predilección por las áreas sebáceas de la piel. Asimismo, para su cultivo son necesarios medios de cultivo específicos suplementados con ácidos grasos. Pese a ser parte de la microbiota, bajo determinadas circunstancias, la población de Malassezia puede incrementarse y llegar a actuar como patógenos oportunistas, produciendo patologías como dermatitis y/u otitis. Estas patologías se tratan habitualmente con antifúngicos azólicos, que inhiben la enzima lanosterol-14α-demetilasa relacionada con la síntesis del ergosterol, uno de los principales constituyentes de la membrana celular. _x000D_ _x000D_ En esta tesis, se ha estudiado la micobiota del conducto auditivo externo de conejos sanos mediante citología, cultivo, PCR y NGS. Es poco frecuente el aislamiento de especies de Malassezia en lagomorfos, de hecho, Malassezia cuniculi es la única especie aislada en conejos. La morfología de las orejas se considera un factor predisponente para el sobrecrecimiento de Malassezia, así, se incluyeron razas de conejos de orejas erectas y caídas. Asimismo, se incluyeron conejos de granja y mascotas. A pesar de no obtener crecimiento en ningún medio de cultivo utilizado, la presencia de Malassezia se detectó mediante citología. Por NGS, Basidiomycota fue el filo más abundante, seguido de Ascomycota. Malassezia fue el género mayoritario, pero el filotipo 131 de Malassezia fue el taxón más abundante. Malassezia cuniculi se detectó en todas las muestras. No se observaron diferencias significativas entre las dos tipologías de orejas. _x000D_ _x000D_ La pododermatitis canina es un trastorno común en la clínica veterinaria en el cual M. pachydermatis actúa frecuentemente como patógeno oportunista. En esta tesis, se evaluó la variación de la carga de Malassezia mediante citología, cultivo, qPCR y NGS en muestras del espacio interdigital de perros con pododermatitis, sanos y postratamiento antifúngico. Las muestras de pododermatitis presentaron unos recuentos más elevados de Malassezia en citología, cultivo y qPCR. Mediante NGS, Ascomycota fue el filo más abundante en las muestras de perros sanos y postratamiento. Sin embargo, el filo Basidiomycota y M. pachydermatis predominaron en las muestras de pododermatitis. En este estudio, se demostró una correlación en la carga de estas levaduras entre la citología y la qPCR. _x000D_ _x000D_ Finalmente, dado que las enfermedades relacionadas con Malassezia se tratan comúnmente con antifúngicos azólicos, los fracasos terapéuticos recientemente notificados son motivo de preocupación. Algunos estudios han relacionado la resistencia a antifúngicos azólicos en determinadas cepas con mutaciones en el gen ERG11. Cabe destacar que por el momento no existe ningún método estandarizado para evaluar la susceptibilidad antifúngica de Malassezia. Por ello, cualquier modificación de las condiciones de las pruebas puede dar lugar a resultados de susceptibilidad diferentes. En esta tesis, se evaluó la susceptibilidad antifúngica in vitro de cepas de M. pachydermatis aisladas de diferentes especies animales, procedentes de casos clínicos de otitis y/o dermatitis y de animales sanos. Además, se secuenció el gen ERG11 y se tipificaron las cepas mediante un análisis multilocus de secuencias de los genes D1/D2, ITS, CHS2 y β-tubulina. Los resultados mostraron una gran variabilidad de secuencias del gen ERG11, una correlación entre ciertos genotipos y mutaciones en dicho gen, y una correlación entre mutaciones del gen ERG11 y la reducción de la susceptibilidad a los azoles.

Fecha de lectura	31 may 2023
Idioma original	Inglés
Supervisor	Francisco Javier Cabañes Saenz (Director/a), Maria Rosa Bragulat Arara (Director/a) & Gemma Castella Gomez (Director/a)