Integration of fungal and bacterial microbiome sequencing data

Resumen

El análisis del microbioma bacteriano se ha vuelto rutinario, pero el estudio del microbioma fúngico, o micobioma, aún se ve obstaculizado por la falta de bases de datos y pipelines bioinformáticos robustos. Para abordar este desafío, desarrollamos FunOMIC y su versión actualizada, un pipeline con bases de datos taxonómicas y funcionales integradas para identificar hongos del microbioma humano utilizando secuenciación shotgun. El pipeline incluye control de calidad de secuencias en bruto, eliminación de ADN humano y bacteriano, y perfilado taxonómico y funcional completo del micobioma. Validamos el pipeline utilizando comunidades simuladas in silico y más de 2.600 muestras de metagenómica humana reales. Nuestros hallazgos muestran que la secuenciación shotgun combinada con FunOMIC supera a la secuenciación del espacio transrito interno (ITS) comúnmente utilizada en términos de precisión y rentabilidad. Propusimos la aplicación de la secuenciación shotgun con un nuevo protocolo de enriquecimiento para proporcionar un enfoque rentable para realizar el perfilado del micobioma intestinal a nivel de especie._x000D_ _x000D_ También investigamos la relación entre la diversidad, composición y funciones microbianas con la composición habitual de la dieta. Nuestro estudio mostró que la diversidad y composición microbiana se asociaban con una composición de dieta específica en lugar de estar impulsadas por cambios dietéticos globales._x000D_ _x000D_ Además, propusimos un servidor web llamado MycoDM, que proporciona la búsqueda de marcadores micobiales, análisis de datos en línea y plataforma de visualización para investigar la relación del micobioma humano con diversas enfermedades utilizando datos de metagenómica shotgun. Esta plataforma ayudará a los investigadores a estudiar el papel de la comunidad fúngica asociada con la enfermedad, que aún no está claro. Pero hay evidencia creciente que sugiere que la disbiosis del micobioma puede estar relacionada con diversas condiciones y el mal funcionamiento del sistema inmunológico y del metabolismo humano._x000D_ _x000D_ Nuestro trabajo proporciona una descripción integral de la interacción entre los reinos bacteriano y fúngico, integrando datos dietéticos. Creemos que nuestro flujo de trabajo propuesto será un recurso valioso para los estudios de micobioma.

Fecha de lectura	22 jun 2023
Idioma original	Inglés
Supervisor	Chaysavanh Manichanh (Director/a)