Analysis of the olive genome

Resumen

El olivo (Olea europaea, Oleaceae) es una planta icónica en el Mediterráneo por razones culturales, históricas y biológicas. El olivo como especie está formado por seis subespecies (europaea, maroccana, cerasiformis, laperrinei, guanchica, y cuspidata) que juntas forman el llamado complejo O. europaea. Del mismo modo, la subsp. europaea se divide en dos variedades: var. europaea, que comprende las formas cultivadas, y var. sylvestris (también llamado oleaster), que incluye las formas silvestres del Mediterráneo. El olivo ha sido cultivado intensivamente desde hace aproximadamente 6,000 años, coincidiendo con la emergencia de civilizaciones tempranas en el Mediterráneo. Debido al gran interés en sus frutos, como aceitunas de mesa y como material para aceite de oliva, el olivo es considerado un cultivo esencial en la cuenca Mediterránea. Esta tesis doctoral tiene como objetivo aportar conocimientos sobre la biologııa y la evolución de los olivos cultivados y linajes cercanos. Con este fin, secuenciamos, ensamblamos y anotamos un genoma de referencia correspondiente a un único individuo (O. europaea L. var. europaea). Análisis filogenómicos y evaluaciones del coverage relativo de alelos sugieren que en la historia evolutiva del olivo ocurrieron un mıınimo de cuatro poliploidizaciones. Dos alopoliploidizaciones localizadas en la base de la familia Oleaceae (Eoceno - Cretácico tardııo) y en la base de la tribu Oleeae; seguidas de dos poliploidizaciones en el ancestro de O. europaea (Mioceno-Plioceno) luego de su divergencia de Phillyrea angustifolia. Con el objetivo de estudiar la diversidad y las relaciones filogenéticas en el complejo O. europaea, secuenciamos adicionalmente el genoma de al menos un individuo por cada subespecie. Nuestros resultados muestran que los olivos cultivados tienen menos diversidad nucleotııdica cuando son comparados con los linajes silvestres. Diferentes genes están bajo selección positiva en cada cultivariedad incluida en este estudio (‘Arbequina’, ‘Beladi’, ‘Farga’, ‘Picual’, ‘Sorani’). Además de hibridación que involucra poliploidización, los análisis filogenómicos revelaron extensivos procesos de hibridazación homoploide entre los lineajes del complejo O. europaea, que resulta en un continuo flujo genético desde olivos silvestres hacia olivos domesticados. En particular, el cv. ‘Farga’ tiene un origen diferente a las otras cultivariedades incluidas en este estudio y aporta evidencia de domesticación secundaria en la penıınsula Ibérica. En resumen, este estudio permite entender la historia evolutiva de O. europaea, y descubre un complejo escenario de poliploidizaciones e hibridaciones que han resultado en duplicaciones génicas recurrentes.

Fecha de lectura	19 dic 2017
Idioma original	Inglés
Institución de lectura	Consorci Parc de Recerca Biomèdica de Barcelona (PRBB)
Supervisor	Pablo Vargas (Director/a), Toni Toni Gabaldón (Director/a) & Josep Allué Creus (Tutor/a)