AntibacTR: Dynamic antibacterial-drug-target ranking integrating comparative genomics, structural analysis and experimental annotation

Antecedentes: El desarrollo de nuevos fármacos antibacterianos es una necesidad urgente en el ámbito sanitario y un campo que, por desgracia, no recibe la atención necesaria. En las últimas décadas se ha producido un descenso considerable del descubrimiento de nuevos antibióticos, lo cual, junto con el reciente auge de los patógenos multirresistentes, ha generado un escenario de preocupación general. Los procedimientos implicados en el descubrimiento y desarrollo de nuevos fármacos antibacterianos son económicamente desafiantes, requieren mucho tiempo y no ofrecen ninguna garantía de éxito. Además, la rentabilidad de una inversión en un medicamento antibacteriano suele ser marginal si se compara con otros tratamientos terapéuticos, lo cual explica, en parte, el descenso de las inversiones privadas. Resultados: En este trabajo presentamos antibacTR, una plataforma informática diseñada para ayudar a los investigadores en la selección de posibles dianas farmacológicas, uno de los primeros pasos del descubrimiento de nuevos fármacos antibacterianos. El enfoque se diseñó y aplicó como parte de dos iniciativas financiadas con fondos públicos destinadas al descubrimiento de nuevas dianas, mecanismos y medicamentos antibacterianos para una lista prioritaria de patógenos Gram-negativos: Acinetobacter baumannii, Escherichia coli, Helicobacter pylori, Pseudomonas aeruginosa y Stenotrophomonas maltophilia. No obstante, en la actualidad esta lista se ha ampliado a un total de 74 patógenos Gram-negativos totalmente secuenciados. antibacTR está basado en comparaciones de secuencias y consultas a múltiples bases de datos (por ejemplo, esencialidad génica, factores de virulencia) para clasificar proteínas según su potencial como dianas farmacológicas. La clasificación dinámica de posibles dianas farmacéuticas puede realizarse fácilmente, personalizarse y el usuario puede acceder a ella mediante una interfaz web que también integra análisis computacionales realizados internamente y visualizables in situ. Entre ellos se incluyen la modelización tridimensional de estructuras proteicas y la predicción de sitios activos entre otros sitios de unión a ligandos relevantes desde un punto de vista funcional. Conclusiones: Dada su versatilidad y facilidad de uso para integrar anotaciones experimentales y análisis computacionales, antibacTR puede ayudar eficazmente a microbiólogos, químicos farmacéuticos y otros investigadores que trabajen en el campo del descubrimiento de fármacos antibacterianos. La interfaz web pública de antibacTR está disponible en 'http://bioinf.uab.cat/antibactr'. © 2014 Panjkovich et al.; licensee BioMed Central Ltd.