Proteòmica funcional i estructural integrades: aproximacions analítiques i aplicacions a proteases i inhibidors

Se propone una investigación que integre el desarrollo de herramientas proteómicas y genómicas experimentales, así como bioinformáticas, para la identificación y caracterización masiva de determinadas especies proteicas y de sus interacciones específicas con otras proteínas de su entorno o ligandos naturales o sintéticos (combinatoriales). También se abordará su aplicación a sistemas proteicos naturales de interés y de elevada complejidad. Sobre algunas dianas proteicas previamente seleccionadas o identificadas por dichas metodologías de alto rendimiento se aplicarán estrategias de proteómica funcional y estructural, así como de quemogenómica. Como modelos se usarán preferentemente proteasas e inhibidores proteicos en los que nuestros equipos de investigación disponen de una buena experiencia y que suponen un fuerte reto dado su gran facilidad de autólisis y capacidad destructiva sobre otras proteínas con las que interaccionen. Se desarrollarán métodos y estrategias adaptadas a dichas características, tanto en su sobre-producción recombinante y detección funcional como en su análisis estructural profundo. Este último se focalizará en complejos proteasa-inhibidor, trabajando con formas silvestres recombinantes y con formas modificadas. Se procederá a la búsqueda de ligandos naturales, rediseñados o sintéticos que faciliten dicho análisis y permitan el control funcional de sus proteínas diana. Éstas han sido escogidas por su potencial aplicabilidad farmacológica e involucración en problemas de interés biotecnológico, biomédico y social tales como malaria, amebiasis, cáncer, fibrinólisis, amiloidosis o generación de nuevos biomateriales