Estudis cinètics sobre la implicació dels sub-llocs d'interacció en el mecanisme catalític de la Ribonucleasa A.

La ribonucleasa A (RNasa A) es una enzima que cataliza la degradación de las cadenas de RNA mediante un mecanismo de transfosforilación en el que se forman nucleótidos 2',3' -fosfato cíclicos. La enzima presenta especificidad para los enlaces fosfodiéster en los que el nucleótido de la posición 3' es de tipo pirimidínico. El centro catalítico de la RNasa A está constituido por tres regiones, una que reconoce la base nitrogenada de pirimidina (B1), otra que reconoce la ribosa (R1) y una que reconoce el grupo fosfato del enlace fosfodiéster que se escinde (p1). Además del centro catalítico la enzima presenta otros subsitios que fijan nucleótidos adyacentes al que ocupa el centro activo y que contribuyen a la correcta disposición del sustrato polimérico, el RNA, en la enzima. De estos sitios de interacción no catalíticos los que están mejor caracterizados son los denominados B2R2p2 que correponden a los de interacción de la base nitrogenada de la ribosa, y del fosfato que forman parte del nucleótido adyacente, en dirección 5', respecto del que ocupa el centro activo. En esta posición la enzima muestra preferencia por nucleótidos de purina. La catálisis de la reacción tiene lugar por la acción de dos histidinas del centro catalítico, His-12 e His-119, que actúan mediante un mecanismo ácido-base concertado, mientras qu en el centro adyacente de interacción de fosfato p2 se encuentran la Lys-7 y la Arg-10. Los parámetros cinéticos determinados para sustratos de diferente longitud muestra que la eficacia catalítica depende de la longitud de los oligonucleótidos y en el caso del sustrato polimérico ácido policitidílico (poly C), análago al RNA, la reacción catalizada por la RNasa A se acerca al valor característico de una reacción controlada por difusión. El análisis de los productos de digestión del poly C a lo largo del proceso de catálisis indican que la enzima prefiere los sustratos de mayor tamaño ...