METAGENOMICA CLINICA PARA EL DIAGNOSTICO DE LAS INFECCIONES POR STAPHYLOCOCCUS EN EL PERRO

LA REDUCCION Y USO RACIONAL DE ANTIBIOTICOS EN MEDICINA VETERINARIA ES UNA DE LAS PRINCIPALES ESTRATEGIAS PARA REDUCIR LA RESISTENCIA BACTERIANA Y ES DEFENDIDA POR ORGANIZACIONES DE SALUD. UNA DE LAS PRINCIPALES RAZONES PARA LA PRESCRIPCION DE ANTIMICROBIANOS EN MEDICINA VETERINARIA ES LA INFECCION CUTANEA BACTERIANA EN PERROS (PIODERMA CANINA), CAUSADA PRINCIPALMENTE POR STAPHYLOCOCCUS PSEUDINTERMEDIUS. LA ALTA PREVALENCIA DE RESISTENCIA A LA METICILINA Y SU ASOCIACION CON UNA FARMACORRESISTENCIA AUN MAS AMPLIA SE HA CONVERTIDO EN UN DESAFIO MUNDIAL. ADEMAS, S. PSEUDINTERMEDIUS TIENE UN IMPACTO ZOONOTICO Y LOS GENES DE RESISTENCIA A LOS ANTIBIOTICOS PUEDEN TRANSMITIRSE A OTRAS ESPECIES DE STAPHYLOCCOCUS QUE SON PATOGENOS HUMANOS. EL PRESENTE PROYECTO BUSCA EXPLORAR LA POSIBILIDAD DE INTRODUCIR UN CAMBIO METODOLOGICO EN EL DIAGNOSTICO DE ENFERMEDADES INFECCIOSAS BASADO EN LOS RECIENTES AVANCES EN SECUENCIACION GENOMICA. NUESTRA HIPOTESIS ES QUE UN ENSAYO DE METAGENOMICA CLINICA MEDIANTE SECUENCIACION DE NANOPOROS SERA ADECUADO PARA EL DIAGNOSTICO RAPIDO DE INFECCIONES CUTANEAS EN PERROS, PERMITIENDO LA IDENTIFICACION DEL PATOGENO BACTERIANO Y LA CARACTERIZACION DE SU RESISTENCIA ANTIMICROBIANA Y FACTORES DE VIRULENCIA. LAS INFECCIONES CUTANEAS POR STAPHYLOCOCCUS EN PERROS SON UN MODELO IDEAL PARA ESTE ESTUDIO. PRIMERO, PORQUE ES UN MODELO QUE CONOCEMOS BIEN Y QUE HEMOS CARACTERIZADO PREVIAMENTE EN OTRO PROYECTO DE INVESTIGACION (PROYECTO RTI2018-101991-B-100). SEGUNDO, PORQUE S. PSEUDINTERMEDIUS ES MUY SIMILAR A S. AUREUS, UN IMPORTANTE PATOGENO HUMANO, POR LO QUE LOS RESULTADOS PUEDEN EXTRAPOLARSE FACILMENTE A MEDICINA HUMANA. SIN EMBARGO, PARA REEMPLAZAR POR COMPLETO EL CULTIVO MICROBIOLOGICO Y LAS PRUEBAS DE SUSCEPTIBILIDAD, SE DEBEN RESOLVER ALGUNOS PROBLEMAS, COMO: 1) OBTENER UNA MUESTRA DE CALIDAD SUFICIENTE PARA LA SECUENCIACION METAGENOMICA DE LECTURAS LARGAS. 2) SER CAPAZ DE DISCRIMINAR ENTRE EL PATOGENO Y LAS BACTERIAS COMENSALES PRESENTES EN LA MUESTRA CLINICA. 3) DEMOSTRAR UNA BUENA CORRELACION ENTRE EL FENOTIPO ANTIMICROBIANO Y EL GENOTIPO (PRESENCIA/AUSENCIA DE GENES DE RESISTENCIA ANTIMICROBIANA Y MUTACIONES PUNTUALES). 4) DESARROLLAR UNA FORMA FACIL PARA INFORMAR LOS RESULTADOS DE LA SECUENCIACION METAGENOMICA AL MEDICO VETERINARIO. EL OBJETIVO DEL PRESENTE PROYECTO ES SUPERAR ESTAS BARRERAS MEDIANTE EL DESARROLLO DE UN METODO DE METAGENOMICA CLINICA BASADO EN LA SECUENCIACION DE NANOPOROS EN SECUENCIADORES PORTATILES. DE TENER EXITO, PERMITIRIA UNA REDUCCION EN LA PRESCRIPCION EMPIRICA DE ANTIBIOTICOS EN MEDICINA VETERINARIA Y SERVIRIA COMO MODELO PARA IMPLEMENTAR UNA APROXIMACION SIMILAR EN MEDICINA HUMANA. LOS BENEFICIOS DE NUESTRA PROPUESTA SE PUEDEN RESUMIR EN LOS SIGUIENTES PUNTOS: 1) EN CONCRETO, EL DESARROLLO DE UN METODO RAPIDO PARA IDENTIFICAR Y CARACTERIZAR LAS BACTERIAS CAUSANTES DE INFECCIONES CUTANEAS EN MEDICINA VETERINARIA, REDUCIENDO LA PRESCRIPCION EMPIRICA DE ANTIBIOTICOS. NUESTRA METODOLOGIA, SI TIENE EXITO, SERIA TRANSFERIDA A GRANDES LABORATORIOS DE DIAGNOSTICO VETERINARIO PARA SU IMPLEMENTACION A GRAN ESCALA. 2) ADEMAS, RESOLVERA ALGUNOS DE LOS PROBLEMAS QUE IMPIDEN EL PROGRESO DE LA METAGENOMICA CLINICA Y, POR TANTO, PUEDE FACILITAR SU IMPLEMENTACION EN OTRAS ENFERMEDADES INFECCIOSAS ANIMALES O HUMANAS. SE TRATA POR TANTO DE UNA PROPUESTA TRASLACIONAL, ORIENTADA A APORTAR SOLUCIONES DERIVADAS DE LOS AVANCES CIENTIFICOS Y TECNOLOGICOS A UN PROBLEMA DE SALUD DE GRAN ENVERGADURA.