Caracteritzacio de l'entorn genetic de la betalactamasa CTX-M-9.

    Student thesis: Doctoral thesis

    Abstract

    En aquesta tesis s'ha determinat l'epidemiologia dels principals virus respiratoris circulants en el nostre medi i s'ha avaluat l'aportació de la tecnologia molecular al diagnòstic de rutina de les infeccions respiratòries víriques. Es van recollir les dades dels virus respiratoris detectats entre gener de 1997 i desembre de 2013, a l'Hospital de la Santa Creu i Sant Pau. Es va analitzar la freqüència, la distribució estacional i la relació entre els virus detectats amb l'edat i el sexe dels pacients. Les mostres incloses van ser mocs nasofaringis, exsudats nasals i faringis, rentades broncoalveolars i biòpsies pulmonars i es van analitzar mitjançant tècniques d'immunocromatografia, immunofluorescència (IF), cultiu cel·lular (CC) i detecció d'àcids nucleics dels virus gripals. De les 36. 744 mostres estudiades, 13. 201 (35,9%) van resultar positives per un o més virus. En total es van detectar 13. 630 virus respiratoris, dels quals el RSV (29,4%) va ser el virus més detectat, el FLUAV (28,7%) el segon i l'AdV (14,7%) el tercer. La resta de virus respiratoris es van detectar amb una freqüència inferior al 10%: EV (9,3%), FLUBV (6,7%), hMPV (5,1%), RV (4,4%), PIV-3 (3%), PIV-1 (1,1%) i PIV-2 ( 1%). Es van trobar 428 co-deteccions (3,2%). Els RSV, FLUAV, AdV, EV i PIV-3 es van detectar durant tots els anys. La resta van presentar una distribució heterogènia al llarg dels anys. Els mesos amb més deteccions positives van ser els mesos d'hivern i els de menys, els mesos d'estiu. Alguns virus presentaven una distribució estacional en forma de pics en mesos concrets: el RSV durant els mesos de novembre a gener, el hMPV de febrer a maig, el FLUAV de desembre a març, el FLUBV de gener a març i el PIV-2 de setembre a desembre. La resta dels virus respiratoris es van detectar al llarg de tot l'any. Les co-deteccions es van trobar principalment entre octubre i març durant tots els anys. De manera destacada, durant la pandèmia de virus gripal de 2009/2010 el FLUAV va representar el 43% dels virus detectats mentre que el 57% corresponia a altres virus respiratoris. En menors de 6 mesos, es va detectar almenys un virus respiratori en un 37,4% de les mostres; de 6 a 12 mesos en un 51,2%; entre 1 i 3 anys, en un 50,8%; entre 3 i 5 anys, en un 42,7% i entre 5 i 18 anys en un 32,2%. A partir d'aquesta edat el percentatge de positivitat era al voltant del 15%. El 56,1% i el 43,9% dels virus detectats eren de mostres d'homes i dones, respectivament. Aquesta ràtio home:dona superior a 1 es va trobar en tots els grups d'edat excepte en els rangs de 18 a 40 anys. Per determinar l'aportació de les tècniques de PCR al diagnòstic dels virus respiratoris, es van comparar dues tècniques moleculars: Seeplex® que utilitza la tecnologia DPO™ (Dual Priming Oligonucleotide) i CLART®, amb tecnologia de microarrays. Es van analitzar 80 mocs nasofaringis de pacients menors de 6 anys amb sospita d'infecció respiratòria vírica. En la comparació entre els mètodes moleculars i els convencionals es va observar que els resultats variaven segons la tècnica. Es van obtenir 37, 40 i 62 mostres positives per IF/CC, Seeplex® i CLART®, respectivament. Seeplex® i CLART® van detectar 11 i 57 virus més que IF/CC, respectivament. Dels virus detectats només per PCR, el 72% corresponien a RV, hMPV, HCoV-OC43, PIV-4, FLUCV i HBoV. Mitjançant PCR es van trobar co-deteccions en 30 mostres i cap per IF/CC. El gran repte que planteja el diagnòstic molecular de les infeccions respiratòries víriques és poder determinar si el virus detectat és el causant del quadre clínic del pacient.
    Date of Award21 Apr 2006
    Original languageCatalan
    SupervisorFerran Navarro Risueño (Director)

    Cite this

    '