Abstract
Original language | English |
---|---|
Journal | Scientific reports |
Volume | 9 |
Issue number | 1 |
DOIs | |
Publication status | Published - 2019 |
Keywords
- Gene regulation
- Genetic association study
- Meningitis
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Dive into the research topics of 'Identification of regulatory variants associated with genetic susceptibility to meningococcal disease'. Together they form a unique fingerprint.Cite this
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In: Scientific reports, Vol. 9, No. 1, 2019.
Research output: Contribution to journal › Article › Research › peer-review
TY - JOUR
T1 - Identification of regulatory variants associated with genetic susceptibility to meningococcal disease
AU - Borghini, Lisa
AU - Png, Eileen
AU - Binder, Alexander
AU - Wright, Victoria
AU - Pinnock, Ellie
AU - de Groot, Ronald
AU - Hazelzet, Jan
AU - Emonts, Marieke
AU - van der Flier, Michiel
AU - Schlapbach, Luregn J.
AU - Anderson, Suzanne
AU - Secka, Fatou
AU - Salas, Antonio
AU - Fink, Colin
AU - Carrol, Enitan D.
AU - Pollard, Andrew J.
AU - Coin, Lachlan J.
AU - Kuijpers, Taco W.
AU - Martinon-Torres, Federico
AU - Zenz, Werner
AU - Levin, Michael
AU - Hibberd, Martin L.
AU - Davila, Sonia
AU - Gormley, Stuart
AU - Hamilton, Shea
AU - Herberg, Jethro
AU - Hourmat, Bernardo
AU - Hoggart, Clive
AU - Kaforou, Myrsini
AU - Sancho-Shimizu, Vanessa
AU - Abdulla, Amina F
AU - Agapow, Paul Michael
AU - Bartlett, Maeve
AU - Bellos, Evangelos
AU - Eleftherohorinou, Hariklia
AU - Galassini, Rachel
AU - Inwald, David
AU - Mashbat, Meg
AU - Menikou, Stefanie
AU - Mustafa, Sobia
AU - Nadel, Simon
AU - Rahman, Rahmeen
AU - Thakker, Clare
AU - Bokhandi, S.
AU - Power, Sue
AU - Barham, Heather
AU - Pathan, N.
AU - Ridout, Jenna
AU - White, Deborah
AU - Thurston, Sarah
AU - Faust, S.
AU - Patel, S.
AU - McCorkell, Jenni
AU - Davies, P.
AU - Cratev, Lindsey
AU - Navarra, Helen
AU - Carter, Stephanie
AU - Ramaiah, R.
AU - Patel, Rekha
AU - Tuffrey, Catherine
AU - Gribbin, Andrew
AU - McCready, Sharon
AU - Peters, Mark
AU - Hardy, Katie
AU - Standing, Fran
AU - O'Neill, Lauren
AU - Abelake, Eugenia
AU - Deep, Akash
AU - Nsirim, Eniola
AU - Willis, Louise
AU - Young, Zoe
AU - Royad, C.
AU - White, Sonia
AU - Fortune, P.M.
AU - Hudnott, Phil
AU - González, Férnando Álvez
AU - Barral-Arca, Ruth
AU - Cebey-López, Miriam
AU - Curras-Tuala, María José
AU - García, Natalia
AU - Vicente, Luisa García
AU - Gómez-Carballa, Alberto
AU - Rial, José Gómez
AU - Beiroa, Andrea Grela
AU - Grande, Antonio Justicia
AU - Iglesias, Pilar Leboráns
AU - Santos, Alaba Elena Martínez
AU - Martinón-Torres, Nazareth
AU - Sánchez, José María Martinón
AU - Pérez, Belén Mosquera
AU - Pacheco, Pablo Obando
AU - Pardo-Seco, Jacobo
AU - Pischedda, Sara
AU - Calle, Irene Rivero
AU - Rodríguez-Tenreiro, Carmen
AU - Redondo-Collazo, Lorenzo
AU - Fernández, Sonia Serén
AU - Silva, María del Sol Porto
AU - Vega, Ana
AU - Reyes, Susana Beatriz
AU - León, María Cruz León
AU - Mingorance, Álvaro Navarro
AU - Barrios, Xavier Gabaldó
AU - Vergara, Eider Oñate
AU - Torre, Andrés Concha
AU - Vivanco, Ana
AU - Fernández, Reyes
AU - Sánchez, Francisco Giménez
AU - Forte, Miguel Sánchez
AU - Rojo, Pablo
AU - Contreras, J.Ruiz
AU - Palacios, Alba
AU - Navarro, Marisa
AU - Álvarez, Cristina Álvarez
AU - Lozano, María José
AU - Carreras, Eduardo
AU - Brió Sanagustín, Sonia
AU - Neth, Olaf
AU - Padilla, Ma del Carmen Martínez
AU - Tato, Luis Manuel Prieto
AU - Guillén, Sara
AU - Silveira, Laura Fernández
AU - Moreno, David
AU - van Furth, A.M.Tutu
AU - van der Flier, Michiel
AU - Boeddha, N.P.
AU - Driessen, G.J.A.
AU - Pajkrt, D.
AU - Sanders, E.A.M.
AU - van de Beek, D.
AU - van der Ende, A.
AU - Philipsen, H.L.A.
AU - Adeel, A.O.A.
AU - Breukels, M.A.
AU - Brinkman, Daniëlle M.C
AU - de Korte, C.C.M.M.
AU - de Vries, E.
AU - de Waal, W.J.
AU - Dekkers, R.
AU - Dings-Lammertink, A.
AU - Doedens, R.A.
AU - Donker, A.E.
AU - Dousma, M.
AU - Faber, Tina E
AU - Gerrits, G.P.J.M.
AU - Gerver, J.A.M.
AU - Heidema, J.
AU - Homan-van der Veen, J.
AU - Jacobs, M.A.M.
AU - Jansen, N.J.G.
AU - Kawczynski, P.
AU - Klucovska, K.
AU - Kneyber, M.C.J.
AU - Koopman-Keemink, Y.
AU - Langenhorst, V.J.
AU - Leusink, J.
AU - Loza, B.F.
AU - Merth, I.T.
AU - Miedema, C.J.
AU - Neeleman, C.
AU - Noordzij, J.G.
AU - Obihara, C.C.
AU - van Overbeek-van Gils, A.L.T.
AU - Poortman, G.H.
AU - Potgieter, S.T.
AU - Potjewijd, J.
AU - Rosias, P.P.R.
AU - Sprong, T.
AU - ten Tussher, G.W.
AU - Thio, B.J.
AU - Tramper-Stranders, G.A.
AU - van Deuren, M.
AU - van der Meer, H.
AU - van Kuppevelt, A.J.M.
AU - van Wermeskerken, A.M.
AU - Verwijs, W.A.
AU - Wolfs, T.F.W.
AU - Agyeman, Philipp
AU - Aebi, Christoph
AU - Berger, Christoph
AU - Giannoni, Eric
AU - Stocker, Martin
AU - Posfay-Barbe, Klara M.
AU - Heininger, Ulrich
AU - Bernhard-Stirnemann, Sara
AU - Niederer-Loher, A.
AU - Kahlert, Christian
AU - Hasters, Paul
AU - Relly, Christa
AU - Baer, Walter
AU - Paulus, Stéphane
AU - Frederick, Hannah
AU - Jennings, Rebecca
AU - Johnston, Joanne
AU - Kenwright, Rhian
AU - Agbeko, Rachel
AU - Bojang, Kalifa
AU - Sarr, Isatou
AU - Kebbeh, Ngane
AU - Sey, Gibbi
AU - Saidykhan, Momodou
AU - Cole, Fatoumatta
AU - Thomas, Gilleh
AU - Antonio, Martin
AU - Walcher, Wolfgang
AU - Geishofer, Gotho
AU - Klobassa, Daniela
AU - Martin, Müller
AU - Pfurtscheller, Klaus
AU - Reiter, Karl
AU - Rödl, Siegfried
AU - Zobel, Gerfried
AU - Zöhrer, Bettina
AU - Töpke, Bärbel
AU - Fucik, Peter
AU - Gabriel, Markwart
AU - Penzien, Johann M.
AU - Diab, Gedeon
AU - Miething, Robert
AU - Deeg, K.H.
AU - Hammer, Jürg
AU - Heininger, Ulrich
AU - Varnholt, Verena
AU - Schmidt, Andreas
AU - Bindl, Lutz
AU - Sillaber, Ursula
AU - Huemer, Christian
AU - Meier, Primrose
AU - Simic-Schleicher, G.
AU - Markart, Markus
AU - Pfau, Eberhard
AU - Broede, Hans
AU - Ausserer, Bernd
AU - Kalhoff, Hermann
AU - Arpe, Volker
AU - Schweitzer-Krantz, Susanne
AU - Kasper, Johannes-Martin
AU - Loranth, Kathrin
AU - Bittrich, Hans J.
AU - Simma, Burkhard
AU - Klinge, Jens
AU - Fedlmaier, Michael
AU - Weigand, Nicola
AU - Herting, Egbert
AU - Grube, Regina
AU - Fusch, Christoph
AU - Gruber, Alois
AU - Schimmel, Ulf
AU - Knaufer-Schiefer, Suzanne
AU - Lässig, Wolfgang
AU - Hennenberger, Axel
AU - von der Wense, Axel
AU - Tillmann, Roland
AU - Schwarick, Jürgen
AU - Sitzmann, Friedrich C.
AU - Streif, Werner
AU - Müller, Herbert
AU - Kurnik, Peter
AU - Groneck, Peter
AU - Weiss, Ute
AU - Gröblacher-Roth, Helene
AU - Bensch, Jürgen
AU - Moser, Reinhard
AU - Schwarz, Rudolf
AU - Lenz, Kurt
AU - Hofmann, Thomas
AU - Göpel, Wolfgang
AU - Schulz, Dietrich
AU - Berger, Thomas
AU - Hauser, Erwin
AU - Förster, Kai Martin
AU - Peters, Jochen
AU - Nicolai, T homas
AU - Kumlien, Björn.
AU - Beckmann, Regina
AU - Seitz, Christiane
AU - Hüseman, D.
AU - Schürmann, Roland
AU - Ta, Van Hop
AU - Weikmann, Eckart
AU - Evert, W.
AU - Hautz, Jürgen
AU - Seidenberg, Jürgen
AU - Wocko, Lucia
AU - Luigs, Petra
AU - Reiter, Hans-Ludwig
AU - Quietzach, J.
AU - König, Michael
AU - Herrmann, Johanna
AU - Mitter, Horst
AU - Seidler, Ekkehard
AU - Maak, Bernhard
AU - Sperl, Wolfgang
AU - Zwiauer, Karl
AU - Meissl, Manfred
AU - Koch, Reinhard
AU - Cremer, Manfred
AU - Breuer, H.A.
AU - Görke, W.
AU - Nossal, Robert
AU - Pernice, Walter
AU - Brangenberg, alf.
AU - Salzer, Hans R.
AU - Koch, Hartmut
AU - Schaller, Gerhard
AU - Paky, Franz
AU - Straßer, Friedrich
AU - Eitelberger, Franz
AU - Sontheimer, D.
AU - Lischka, Andreas
AU - Kronberger, Martina
AU - Dilch, Alfred
AU - Scheibenpflug, Christian
AU - Bruckner, Robert
AU - Mahler, Klaus
AU - Runge, Klaus
AU - Kunze, Wolfgang
AU - Schermann, Peter
PY - 2019
Y1 - 2019
N2 - Non-coding genetic variants play an important role in driving susceptibility to complex diseases but their characterization remains challenging. Here, we employed a novel approach to interrogate the genetic risk of such polymorphisms in a more systematic way by targeting specific regulatory regions relevant for the phenotype studied. We applied this method to meningococcal disease susceptibility, using the DNA binding pattern of RELA - a NF-kB subunit, master regulator of the response to infection - under bacterial stimuli in nasopharyngeal epithelial cells. We designed a custom panel to cover these RELA binding sites and used it for targeted sequencing in cases and controls. Variant calling and association analysis were performed followed by validation of candidate polymorphisms by genotyping in three independent cohorts. We identified two new polymorphisms, rs4823231 and rs11913168, showing signs of association with meningococcal disease susceptibility. In addition, using our genomic data as well as publicly available resources, we found evidences for these SNPs to have potential regulatory effects on ATXN10 and LIF genes respectively. The variants and related candidate genes are relevant for infectious diseases and may have important contribution for meningococcal disease pathology. Finally, we described a novel genetic association approach that could be applied to other phenotypes.
AB - Non-coding genetic variants play an important role in driving susceptibility to complex diseases but their characterization remains challenging. Here, we employed a novel approach to interrogate the genetic risk of such polymorphisms in a more systematic way by targeting specific regulatory regions relevant for the phenotype studied. We applied this method to meningococcal disease susceptibility, using the DNA binding pattern of RELA - a NF-kB subunit, master regulator of the response to infection - under bacterial stimuli in nasopharyngeal epithelial cells. We designed a custom panel to cover these RELA binding sites and used it for targeted sequencing in cases and controls. Variant calling and association analysis were performed followed by validation of candidate polymorphisms by genotyping in three independent cohorts. We identified two new polymorphisms, rs4823231 and rs11913168, showing signs of association with meningococcal disease susceptibility. In addition, using our genomic data as well as publicly available resources, we found evidences for these SNPs to have potential regulatory effects on ATXN10 and LIF genes respectively. The variants and related candidate genes are relevant for infectious diseases and may have important contribution for meningococcal disease pathology. Finally, we described a novel genetic association approach that could be applied to other phenotypes.
KW - Gene regulation
KW - Genetic association study
KW - Meningitis
U2 - 10.1038/s41598-019-43292-6
DO - 10.1038/s41598-019-43292-6
M3 - Article
C2 - 31061469
SN - 2045-2322
VL - 9
JO - Scientific reports
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