Study of Malassezia species from the skin of dogs and rabbits using routine and advanced molecular methods

Resum

Els llevats del gènere Malassezia formen part de la microbiota normal de la pell d’una gran varietat d’animals homeoterms. El gènere està format per 18 espècies que s’han aïllat d’animals domèstics, salvatges i d’humans. _x000D_ _x000D_ Una de les principals característiques del gènere Malassezia és la seva dependència lipídica, la qual és causada per l’absència del gen codificant d’un enzim sintasa d’àcids grassos. Per això, aquests llevats són incapaços de sintetitzar de novo àcids grassos de cadena llarga i depenen de l’hoste com a font externa d’aquests, presentant així predilecció per les àrees sebàcies de la pell. Tanmateix, per cultivar-les són necessaris medis de cultiu específics suplementats amb àcids grassos. Tot i ser part de la microbiota normal de la pell, sota determinades circumstàncies, la població de Malassezia pot incrementar-se i poden actuar com a patògens oportunistes, causant patologies com dermatitis i/o otitis. Aquestes patologies es tracten habitualment amb antifúngics azòlics que inhibeixen l’enzim lanosterol-14α-desmetilasa, relacionat amb la síntesi de l’ergosterol, un dels principals constituents de la membrana cel·lular. _x000D_ _x000D_ En aquesta tesi, s’ha estudiat la micobiota del conducte auditiu extern de conills sans mitjançant citologia, cultiu, PCR i NGS. L’aïllament d’espècies de Malassezia en lagomorfs és poc freqüent, de fet, Malassezia cuniculi és la única espècie aïllada en conills. La morfologia de les orelles és considerada un factor predisposant per al sobrecreixement de Malassezia. Per això, es van incloure races de conills d’orelles erectes i caigudes. Tanmateix, es van incloure animals de granja i mascotes. Malgrat no obtenir creixement a cap medi de cultiu utilitzat, la presència de Malassezia es va detectar per citologia. Per NGS, Basidiomycota era el fílum més abundant, seguit d’Ascomycota. Malassezia va ser el gènere majoritari i el filotip 131 de Malassezia el taxó més abundant. Malassezia cuniculi es va detectar a totes les mostres. No es van observar diferències significatives entre les dues tipologies d’orelles. _x000D_ _x000D_ La pododermatitis canina és un trastorn habitual a la clínica veterinària en el qual M. pachydermatis actua freqüentment com a patogen oportunista. En aquest tesi, es va avaluar la variació de la càrrega de Malassezia mitjançant citologia, cultiu, qPCR i NGS en mostres de l’espai interdigital de gossos amb pododermatitis, sans i post-tractament tractament antifúngic. Les mostres de pododermatitis van presentar recomptes més elevats de Malassezia en l’examen citològic, en cultiu i qPCR. Per NGS, Ascomycota era el fílum més abundant en les mostres de gossos sans i post-tractament. No obstant això, el fílum Basidiomycota i M. pachydermatis predominaven en les mostres de pododermatitis. Aquest estudi va demostrar una correlació en la càrrega de Malassezia entre la citologia i la qPCR. _x000D_ _x000D_ Finalment, donat que els trastorns relacionats amb Malassezia es tracten habitualment amb antifúngics azòlics, les fallades terapèutiques recentment notificades són motiu de preocupació. Alguns estudis han relacionat la resistència a antifúngics azòlics en determinades soques amb mutacions en el gen ERG11. Cal destacar que, de moment, no existeix cap mètode estandarditzat per avaluar la susceptibilitat antifúngica de Malassezia. Per això, qualsevol modificació de les condicions de les probes pot donar resultats de susceptibilitat diferents. En aquesta tesi, es va avaluar la susceptibilitat antifúngica in vitro de soques de M. pachydermatis aïllades de diferents espècies animals, procedents de casos clínics d’otitis i/o dermatitis i d’animals sans. A més, es va seqüenciar el gen ERG11 i es van tipificar les soques mitjançant un anàlisi multilocus de seqüències dels gens D1/D2, ITS, CHS2 i β-tubulina. Els resultats van demostrar una gran variabilitat de seqüències en el gen ERG11, una correlació entre certs genotips i mutacions en el gen ERG11 i una correlació entre mutacions d’aquest gen i la reducció de la susceptibilitat.

Data del Ajut	31 de maig 2023
Idioma original	Anglès
Supervisor	Francisco Javier Cabañes Saenz (Director/a), Maria Rosa Bragulat Arara (Director/a) & Gemma Castella Gomez (Director/a)