Structural studies on FF domains by NMR spectroscopy

Resum

El present treball s'ha realitzat en el marc del Programa de Biologia Estructural i Computacional de l'IRB Barcelona, en el grup de RMN de proteïnes, sota la direcció de la Dra María J. Macías. L'interès del grup d'investigació se centra en la determinació estructural de dominis de proteïna, en l'estudi d'interaccions i en entendre els mecanismes per a la seva regulació. Concretament, aquest treball està enfocat en l'estudi estructural de dominis FF. En el nostre grup es va començar a estudiar els dominis FF a partir de l'observació que aquests dominis es troben sovint en proteïnes que també contenen WW, un petit domini d'interacció proteïna-proteïna que ha estat i continua sent la línia d'investigació principal del grup, i del qual s'han realitzat nombrosos i detallats estudis. En canvi, el dominis FF han estat identificats fa poc temps i la informació estructural i funcional de la qual es disposa és, a dia d'avui, escassa. En part, el pocs estudis realitzats amb aquests dominis pot ser conseqüència de que només els trobem en un conjunt reduït de proteïnes. De fet, la seva presència es limita a tres famílies de proteïnes: els factors d'splicing FBP11, Prp40 i URN1, el factor de transcripció CA150 i una família de proteïnes reguladores de RhoGTPases, les p190 RhoGAPs. Al meu grup, l'estudi amb dominis FF es va iniciar amb la resolució de l'estructura tridimensional del primer FF de la proteïna Prp40 de llevat, que va representar la segona estructura resolta per a un domini FF. En aquest treball l'objectiu ha estat aprofundir en el coneixement dels dominis FF, bàsicament des d'un punt de vista estructural utilitzant com a tècnica principal la resonànica magnètica nuclear (RMN). Aquesta tesi doctoral s'ha dividit en tres parts i en cada una d'elles s'ha treballat amb els dominis FF de les tres famílies de proteïnes esmentades anteriorment. L'enfoc també ha estat lleugerament diferent a cada part. Així, en el primer capítol, centrat en els dominis FF presents als factors d'splicing URN1 i Prp40, el gruix de la feina va ser l'obtenció de noves estructures tridimensionals per RMN d'aquests dominis. En canvi, en el segon capítol ens vam centrar en l'estudi de la interacció dels dominis FF de CA150 amb el seu primer lligand descrit, un motiu doble fosforilat del domini C-terminal de la RNA-polimerasa II (fosfo-CTD). Finalment, en la tercera part l'interès es va dirigir a l'estudi de la regulació de l'associació dels dominis FF de p190-A RhoGAP amb el factor de transcripció TFII-I, per mitjà d'una fosforilació sobre el primer FF de p190-A RhoGAP.

Data del Ajut	10 de set. 2009
Idioma original	No s'ha definit/desconegut
Supervisor	María J Macías Hernández (Director/a)