Simplifying Complexity: Harnessing Coarse-Grained Models to Study Intricate Systems

Resum

L'ús de models Coarse-Grained (CG) ha emergit com una eina valuosa en la recerca científica, oferint diversos avantatges per l'estudi de sistemes complexos que són difícils de comprendre a través de tècniques experimentals, donades les seves limitacions. D'entre la multitud de tècniques computacionals disponibles, els models CG s'han establert com l'intermedi entre els nivells d'àtoms i macroscòpics, oferint una visió més clara dels fenòmens que succeeixen a gran escala sense perdre les seves propietats essencials. En aquesta tesi, hem emprat dos mètodes, la Dinàmica de Partícules Dissipatives (DPD) i el camp de forces Martini, que ambdós implementen models CG per realitzar tres estudis. El primer, es centra en avaluar l'aplicabilitat del mètode DPD en l'estudi de la síntesis de nanopartícules d'or (Au NPs) emprant diversos tensioactius. Donada la complexitat inherent de definir el comportament metàl·lic en els camps de forces, aquesta va resultar una tasca desafiant. El segon estudi es basa en examinar la possibilitat d'obtenir distribucions Janus esfèriques sobre la superfície de les Au NPs mitjançant dues immunoglobulines G (IgG). Per fer-ho, es va estudiar detalladament la seqüència d'aminoàcids d'ambdós IgGs. El darrer estudi explora la dinàmica d'un G-quadruplex (G4) i la seva interacció amb dos lligands diferent substituïts utilitzant el camp de fores Martini.

Data del Ajut	15 de set. 2023
Idioma original	Anglès
Supervisor	Carles Jaime Cardiel (Director/a)