Origen, evolució i aplicacions en genètica de la conservació de DNA repetitiu en carnÍvors.

Resum

L'objectiu global de la meva tesi doctoral és l'estudi de la variació genètica en el DNA repetitiu en carnívors per resoldre qüestions evolutives d'aquestes espècies i per les seves possibles aplicacions en genètica de la conservació. La tesi es divideix en quatre capítols: El primer capítol és un article, en revisió per la revista Journal of Heredity. En aquest treball hem seqüenciat de 4 a 10 al·lels de 10 microsatèl·lits de teixó eurasiàtic en el teixó i en altres espècies de mustèlids per tal de detectar aquells arrays repetitus que seguirien les assumpcions del SMM i determinar i indagar l'origen de la variabilitat que no pot ser detectada per procediments estàndards de genotipatge. El segon capítol és un article publicat a Genetical Research. En aquest treball hem aprofitat la conservació en carnívors de la regió flanquejant d'un microsatèl·lit compost complex per analitzar el seu origen i diversificació per tal d'avançar en els coneixements dels processos mutacionals que porten a l'origen de regions repetitives curtes i adjacents. També hem comprovat que a pesar de la complexitat mutacional d'aquest locus i els alts nivells d'homoplàsia observats, es pot detectar informació filogenètica, tant en la regió flanquejant com en la repetitiva. Com a part d'aquesta anàlisi, hem construït un arbre filogenètic basat en les regions flanquejants i hem comparat els nostres resultants amb les controvèrsies actuals en filogènies de carnívors. El tercer capítol és un article publicat a la revista BMC Genomics. En aquest treball hem construït una base de dades completa de clons de microsatèl·lits de carnívors a partir de GenBank per explorar el paper que poden tenir els elements repetitius dispersos en la generació de arrays repetitius. Per dur a terme el treball, ens hem centrat en els tRNA SINEs, que són els elements repetitius dispersos més abundants i més ben caracteritzats del genoma dels carnívors. Hem observat dos modes de gènesi de microsatèl·lits en dues regions dels tRNA SINEs en les quals els microsatèl·lits han evolucionat repetidament. Aquestes observacions porten a la hipòtesi que els SINEs que generen microsatèl·lits podrien explicar el diferent contingut i distribució d'arrays de repetició entre i dins dels genomes. També hem demostrat que els microsatèl·lits associats a tRNA SINEs eren més complexes i tenien menys potencial d'inestabilitat que aquells no associats. Per tant, les observacions mostrades en aquest treball tenen implicacions pràctiques, ja que l'ús de microsatèl·lits associats amb tRNA SINEs comporta prendre mesures des del disseny experimental fins a la interpretació dels resultats. El darrer capítol és un article publicat a la revista Journal of Zoology. En aquest treball hem proporcionat un mètode molecular fiable, simple i barat basat en l'amplificació del locus microsatèl·lit Mel08 per poder diferenciar les espècies de visons. Aquesta amplificació dóna com a resultat un producte de PCR major en el visó americà que en altres espècies de mustèlids, tals com el visó europeu o el turó. Aquestes 3 espècies mostren prioritats de gestió molt diferents i són difícilment distingibles sense capturar l'animal. Sobre el visó europeu s'estan realitzant programes de conservació intensius mentre que el visó americà és una espècie exòtica a Europa i és una possible causa del declivi del visó europeu. A més a més, el mètode va ser testat amb èxit amb DNA amplificat amb pèl amb arrel, de manera que el mètode és apte per ser utilitzat amb mostreig no invasiu.

Data del Ajut	29 de set. 2006
Idioma original	No s'ha definit/desconegut
Supervisor	Alfredo Ruiz Panadero (Director/a) & Xavier Domingo Roura (Director/a)