Integration of fungal and bacterial microbiome sequencing data

Resum

L'anàlisi del microbioma bacterià s'ha convertit en una rutina, però l'estudi del microbioma fúngic, o micobioma, encara es veu obstaculitzat per la manca de bases de dades robustes i canonades bioinformàtiques. Per abordar aquest repte, vam desenvolupar FunOMIC i la seva versió actualitzada, una canalització amb bases de dades taxonòmices i funcionals integrades per identificar fongs del microbioma humà mitjançant la seqüenciació d'escopeta. El pipeline inclou el control de qualitat de la seqüència en brut, l'eliminació d'ADN humà i bacterià i un perfil complet de micobiomes taxonòmics i funcionals. Vam validar el pipeline utilitzant comunitats simulades generades per silico i més de 2.600 mostres metagenòmica humana real. Els nostres resultats mostren que la seqüenciació d'escopeta combinada amb FunOMIC supera la seqüenciació d'espaiador transcrit intern (ITS) que s'utilitza habitualment en termes de precisió i rendibilitat. Vam proposar l'aplicació de la seqüenciació d'escopeta amb un nou protocol d'enriquiment per proporcionar un enfocament rendible per realitzar el perfil de micobiomes intestinals a nivell d'espècie._x000D_ _x000D_ També vam investigar la relació entre la diversitat microbiana, la composició i les funcions amb la composició habitual de la dieta. El nostre estudi va demostrar que la diversitat i la composició microbianes estaven associades amb la composició específica de la dieta en lloc de ser impulsades per canvis dietètics globals._x000D_ _x000D_ A més, vam proposar un servidor web anomenat MycoDM, que proporciona cerca de marcadors micobials, anàlisi de dades en línia i plataforma de visualització per investigar la relació del micobioma intestinal humà amb diverses malalties mitjançant dades metagenòmics d'escopeta. Aquesta plataforma ajudarà els investigadors a estudiar el paper de la comunitat de fongs associada a la malaltia, que encara no està clar. Però l'evidència creixent suggereix que la disbiosi del micobioma pot estar relacionada amb diverses condicions i la funció immune humana i el mal funcionament del metabolisme._x000D_ _x000D_ El nostre treball proporciona una descripció completa de la interacció entre els regnes entre bacteris i fongs integrant dades dietètiques. Creiem que el nostre flux de treball proposat serà un recurs valuós per als estudis de micobiomes.

Data del Ajut	22 de juny 2023
Idioma original	Anglès
Supervisor	Chaysavanh Manichanh (Director/a)