From the clinic to the farm: applying sequencing and de novo assembly to characterize One-Health bacterial pathogens

Resum

Les infeccions causades per bacteris resistents a múltiples antibiòtics son una amenaça tant per a la salut animal com la humana degut a la limitació en el tractament, la qual pot portar a complicacions clíniques severes, estades hospitalàries més llargues o, fins i tot, a la mort. Els bacteris resistents a múltiples antibiòtics poden ser transmesos al medi ambient, a altres animals o a humans a través de diferents vies, tals com la contaminació fecal o per la cadena alimentària. En aquest escenari, l’aproximació One-Health considera la salut com una entitat global, incloent la humana, l’animal i la mediambiental._x000D_ L’objectiu d’aquesta tesis és optimitzar l’ús de reads llargs en la seqüenciació de genoma complet (whole-genome sequencing) per a la caracterització del cromosoma i plasmidis bacterians, incloent la presència de gens de resistència a antibiòtics, elements genètics mòbils, i factors de virulència._x000D_ Mitjançant l’ús de seqüenciació de genoma complet amb reads llargs hem muntat de novo cromosomes i plasmidis en contigs únics per a Staphylococcus pseudintermedius aïllats en gossos, Escherichia coli d’animals de producció i el granger, i Klebsiella pneumoniae d’humans. Aquesta aproximació ha permès localitzar els gens de resistència a antibiòtics en plasmidis o cromosoma, i ha permès seqüenciar elements genètics mòbils sencers, superant així els desavantatges associats al reads curts. A més, hem pogut descriure la transmissió de plasmidis similars que duien gens de resistència a antibiòtics per a Escherichia coli resistent a colistina en una granja mixta, i per a Klebisella pneumoniae resistent a carbapenems en un brot interhospitalari._x000D_ Els perfils de resistència a antibiòtics i factors de virulència d’Staphylococcus pseudintermedius aïllats de gossos i Escherichia coli d’animals de producció ressalten el rol dels animals domèstics com a un reservori de patògens amb alt potencial zoonòtic.

Data del Ajut	29 de juny 2021
Idioma original	Anglès
Supervisor	Olga Francino Martí (Director/a)