Les molècules del Complex Principal d’Histocompatibilitat (MHC) son proteïnes de membrana encarregades de presentar pèptids derivats de proteïnes pròpies o estranyes als limfòcits T, activant així una resposta immunitària específica. Existeixen dos tipus principals: MHC de classe I i de classe II. Les molècules de MHC-I (en humans, HLA-A, HLA-B y HLA-C) presenten pèptids endògens, provinents de proteïnes intracel·lulars, mentre que les de MHC-II (HLA-DR, HLA-DP y HLA-DQ) presenten pèptids exògens, de proteïnes internalitzades o de membrana. Els gens del MHC son els més polimòrfics del genoma humà. Aquest polimorfisme es concentra a les regions que formen el solc d’unió a pèptids, on les cadenes laterals dels aminoàcids del lligand interactuen amb cavitats o pockets específics. La combinació d’aquestes cavitats defineix la especificitat de cada al·lel i el seu repertori de pèptids presentats. En les molècules de MHC-II, tant les cadenes α com β contribueixen al polimorfisme, tot i que en el cas de HLA-DR la variabilitat es concentra principalment en la cadena β, ja que la α és poc polimòrfica i no modifica la interacció amb els pèptids. El virus SARS-CoV-2, agent causant de la COVID-19, és un coronavirus zoonòtic de ARN monocatenari positiu i amb envolta. El seu genoma codifica quatre proteïnes estructurals: Spike (S), Envelope (E), Membrane (M) i Nucleocapsid (N). La proteïna S, responsable de la unió al receptor (ACE2) i la fusió de membranes, és la més immunogènica i la que més mutacions acumula, el que ha resultat en variants, com Òmicron (llinatge B.1.2.529). La infecció produeix símptomes comuns com febre, tos i dispnea, tot i que pot resultar greu en persones grans o amb comorbiditats. Les molècules de MHC exerceixen un paper essencial en la resposta immunitària en front del SARS-CoV-2, i els pèptids que presenten van ser clau en el disseny de vacunes. La seva identificació requereix la purificació dels complexos MHC-pèptid, l’aïllament de l’immunopeptidoma i l’anàlisi per espectrometria de masses, tècnica que ha permès descobrir centenars de milers de lligands. La cisteïna, un aminoàcid amb un grup tiol altament reactiu, pot patir modificacions postraduccionals (oxidacions, formació de ponts disulfur, etc.). Tot i això, els estudis de l’immunopeptidoma han mostrat una quantitat de pèptids amb cisteïna menor de l’esperada, la qual cosa suggereix una subestimació d’aquests en les anàlisis convencionals. Així, l’objectiu principal de la tesi va ser optimitzar la detecció de pèptids amb cisteïna en els immunopeptidomes associats a les molècules HLA-DR mitjançant un protocol de reducció i alquilació que estabilitza aquest aminoàcid. Es van utilitzar tres línies cel·lulars d’origen limfoide (BEN, C1R y Raji), observant un enriquiment en pèptids amb cisteïna sense afectar a la qualitat de les mostres. A més, es van clonar i expressar en cèl·lules C1R la majories dels al·lotips més freqüents d’HLA-DRB1, juntament amb con HLA-DRB3*02:02 i HLA-DRB4*01:03, per generar línies estables. A partir d’aquestes, es van purificar els immunopeptidomes tractats amb el nou protocol, el que va permetre incrementar el número de pèptids amb cisteïna detectats i analitzar la seva contribució als motius d’ancoratge característics de cada al·lotip de HLA-DR. Finalment, la metodologia es va aplicar a cèl·lules HEK293 transfectades amb el gen de la proteïna Spike de la variant Òmicron de SARS-CoV-2. Aquesta estratègia va permetre identificar pèptids derivats d’aquesta proteïna no descrits prèviament, tant en molècules d’HLA-I com d’HLA-II (després de la transfecció del gen de CIITA). En conjunt, els resultats demostres que la reducció i alquilació d ela cisteïna millora la detecció i caracterització de pèptids que contenen aquest residu, aportar una eina valuosa per a l’estudi de l’immunopeptidoma i la comprensió de la resposta immunitària front a patògens, com SARS-CoV-2.
| Data del Ajut | 14 de gen. 2026 |
|---|
| Idioma original | Espanyol |
|---|
| Supervisor | Iñaki Alvarez (Director/a) & Manel Juan (Director/a) |
|---|