Adapted application of NGS to improve genetic characterization of tuberous sclerosis complex and spinal muscular atrophy patients

Resum

La next-generation sequencing (NGS) ha suposat un canvi radical en el diagnòstic de les malalties genètiques, ja que permet la seqüenciació paral·lela massiva d'àmplies regions de DNA en múltiples pacients en el mateix experiment. En el camp del complexe esclerosi tuberosa (CET), l'ús de la NGS aconsegueix el diagnòstic genètic del 85-90% dels pacients. Per a millorar la taxa diagnòstica, hem desenvolupat un flux de treball centrat en la identificació de variants a baixa freqüència i variants intròniques profundes. La seva aplicació ens ha permès diagnosticar 29 pacients, incloent a cinc pacients amb variants a baixa freqüència (freqüència al·lèlica <20%) i dos amb variants intròniques profundes. En l'àrea de l'atròfia muscular espinal (AME), aproximadament el 95% dels pacients presenten deleció homozigota del gen SMN1 com a causa de la malaltia. Tanmateix, s'observa una gran variabilitat fenotípica entre pacients. El nombre de còpies de SMN2, el gen paràleg de SMN1 i gairebé idèntic, es considera el principal modificador de la malaltia, ja que SMN2 és parcialment funcional i, en una certa manera, compensa la producció de proteïna SMN. Per a estudiar la variabilitat genètica de SMN2 en pacients de AME, hem desenvolupat un mètode basat en la NGS que permet estudiar en profunditat la regió SMN, més enllà de l'estudi del nombre de còpies de SMN1 i SMN2. La seva aplicació en 368 pacients d'AME ens ha permès detectar variants modificadores, estructures híbrides SMN2-SMN1 i l'anàlisi de les regions consens de les teràpies modificadores de SMN2. L'aplicació adaptada de la tècnica NGS empleada en aquest treball ha millorat la taxa diagnòstica en la malaltia CET i la caracterització genètica de la regió SMN en pacients d'AME.

Data del Ajut	21 de juny 2023
Idioma original	Anglès
Supervisor	Elena Garcia Arumí (Director/a) & Eduardo Tizzano Ferrari (Director/a)