Whole exome sequencing analysis reveals TRPV3 as a risk factor for cardioembolic stroke

Estudis genètics suggereixen que centenars de gens associats amb l'ictus segueixen sense identificar-se. El seqüenciament d'exomes ha resultat útil per trobar nous gens associats amb l'ictus. El nostre objectiu era trobar nous factors de risc genètic per a l'ictus cardioembòlic mitjançant l'anàlisi de dades de seqüències exòmiques usant noves estratègies. Per descobrir, analitzàrem 42 casos d'ictus i controls amb fenotips extrems (cohort 1), i per replicar-ho, 32 casos d'ictus i controls (cohort 2) utilitzant el kit de captura SeqCapExome. Després vam analitzar els gens replicats en dues cohorts noves que comprenien 834 casos d'ictus i controls (cohort 3) i 64.373 casos d'ictus i controls (cohort 4). També es van fer anàlisis funcionals transcriptòmics in-silico. Vam trobar 26 regions codificadores amb una major freqüència de mutacions en els ictus després de corregir el nombre de mutacions trobades a l'exoma complet de cada pacient. El gen TRPV3 s'associava amb l'ictus cardioembòlic després de la replicació de les anàlisis del seqüenciament d'exomes (valor p-discovery: 0,018; valor p-replication: 0,014). L'anàlisi del gen TRPV3 usant polimorfismes a les cohorts 3 i 4 va revelar dos polimorfismes associats amb l'ictus cardioembòlic en ambdues cohorts, el més significatiu era rs151091899 (valor p: 3.1 × 10-05; odds ratio: 5.4) a la cohorte 3. El genotip d'un polimorfisme de TRPV3 s'associava amb una expressió diferencial de gens vinculats a malformacions cardíaques. En conclusió, les noves estratègies usant dades de seqüenciament d'exomes han revelat el TRPV3 com un nou gen associat amb l'ictus cardioembòlic. Aquesta estratègia entre altres podria ser útil per trobar nous gens associats amb malalties genètiques complexes. © Schattauer 2016