A high‐throughput approach to predict A‐to‐I effects on RNA structure indicates a change of double‐stranded content in noncoding RNAs

Les molècules d'ARN experimenten una sèrie de modificacions químiques que poden alterar la seva estructura i les interaccions moleculars. Estudis anteriors han demostrat que l'edició de l'ARN pot afectar la formació dels complexos ribonucleoproteics i influir en el muntatge d'orgànuls sense membrana com els grànuls d'estrès. Per exemple, N6-metiladenosina (m6A) afavoreix la formació de SG i N1-metiladenosina (m1A) evita que es transformin en agregats similars a sòlids. Tot i això, se sap ben poc sobre l'efecte de modificació A-to-I (d'adenosina a inosina), que és molt abundant en les cèl·lules humanes i no només afecta els mRNAs sinó també els RNAs no codificants. Aquí presentem el predictor CROSSalive dels efectes d'A-to-I sobre l'estructura de l'ARN, basat en experiments intracel·lulars d'alt rendiment. El nostre mètode mostra una precisió del 9ль% per predir el contingut monocatenari i bicatenari dels transcrits i identifica un enriquiment general de les regions bicatenàries causat per A-to-I en els RNAs no codificants intergènics llargs (lincRNAs). Per als casos individuals NEAT1, NORAD i XIST, hem investigat la relació entre l'edició d'A-to-I i les interaccions amb proteïnes d'unió a ARN usant dades CLIP disponibles i prediccions de catRAPID. Hem trobat que l'edició A-to-I està relacionada amb l'alteració dels llocs d'interacció amb proteïnes implicades en la separació de fases, cosa que suggereix que el muntatge del RNP pot veure's influït per l'A-to-I. CROSSalive es troba disponible a http://service.tartaglialab.com/new_submission/crossalive.