Proteòmica funcional i estructural integrades: aproximacions analítiques i aplicacions a proteases i inhibidors

Es proposa una investigació que integri el desenvolupament d'eines proteòmiques i genòmiques experimentals, així com bioinformàtiques, per a la identificació i caracterització massiva de determinades espècies proteiques i de les seves interaccions específiques amb altres proteïnes del seu entorn o ligandos naturals o sintètics (combinatorials). També s'abordarà la seva aplicació a sistemes proteics naturals d'interès i d'elevada complexitat. Sobre algunes dianes proteiques prèviament seleccionades o identificades per les esmentades metodologies d'alt rendiment s'aplicaran estratègies de proteòmica funcional i estructural, així com de quemogenòmica. Com a models s'usaran preferentment proteases i inhibidors proteics en els que els nostres equips d'investigació disposen d'una bona experiència i que suposen un fort repte donat la seva gran facilitat d'autòlisi i capacitat destructiva sobre altres proteïnes amb què interaccionin. Es desenvoluparan mètodes i estratègies adaptades a les esmentades característiques, tant en seu sobre-producció recombinant i detecció funcional com en la seva anàlisi estructural profunda. Aquest últim es focalitzarà en complexos proteasa-inhibidor, treballant amb formes silvestres recombinants i amb formes modificades. Es procedirà a la recerca de ligandos naturals, redissenyats o sintètics que facilitin l'esmentada anàlisi i permetin el control funcional de les seves proteïnes diana. Aquestes han estat escollides per la seva potencial aplicabilitat farmacològica i involucració en problemes d'interès biotecnològic, biomèdic i social tals com a malària, amebiasis, càncer, fibrinòlisis, amiloïdosi o generació de nous biomaterials