Estudis teòrics per al disseny d'inhibidors anàlegs a l'estat de transició de reaccions enzimàtiques amb importància farmacologica

(...) El primer objectiu d'aquest projecte és l'estudi teòric del mecanisme d'acció d'aquestes dues famílies d'enzims i la determinació de les característiques estructurals i electròniques de l'estat de transició de cadascun dels processos que catalitzen. L'assoliment d'aquest objectiu ens pot ajudar a explicar, validar, i fins i tot millorar, els inhibidors que ja han estat proposats com a anàlegs d'estat de transició en estudis experimentals anteriors, així com proposar noves molècules per aplicacions farmacològiques. Una de les raons per a les quals s'ha escollit les proteases, les quals han estat molt estudiades des del punt de vista farmacològic, és per tal de validar el procediment que posteriorment s'utilitzarà per al disseny d'inhibidors de proteïnes quinases, les quals són de gran importància en el camp de la biomedicina. En concret, s'estudiarà un enzim representatiu de les proteases de zinc (la carboxipeptidasa A) i una proteïna-serina/treonina quinasa (la cAMP-depenent proteïna quinasa). El segon objectiu d'aquest projecte és determinar energies d'enllaç de diferents complexos enzim-inhibidor per als quals s'ha determinat experimentalment les constants d'inhibició. En l'actualitat, aquest tipus de càlculs es realitzen a nivell clàssic, mitjançant simulacions de dinàmica molecular clàssica sobre superfícies descrites amb camps de força clàssics