Estudis cinètics sobre la implicació dels sub-llocs d'interacció en el mecanisme catalític de la Ribonucleasa A.

La ribonucleasa A (RNasa A) és un enzim que catalitza la degradació de les cadenes de RNA mitjançant un mecanisme de transfosforilació en el qual es formen nucleòtids 2',3' -fosfat cíclics. L'enzim presenta especificitat per als enllaços fosfodiéster en els quals el nucleòtid de la posició 3' és de tipus pirimidínic. El centre catalític de la RNasa A està constituït per tres regions, una que reconeix la base nitrogenada de pirimidina (B1), una altra que reconeix la ribosa (R1) i una que reconeix el grup fosfat de l'enllaç fosfodiéster que s'escindeix (p1). A més del centre catalític l'enzim presenta altres subllocs que fixen nucleòtids adjacents al que ocupa el centre actiu i que contribueixen a la correcta disposició del substrat polimèric, el RNA, en l'enzim. D'aquests llocs d'interacció no catalítics els quals estan millor caracteritzats són els denominats B2R2p2 que corresponen als d'interacció de la base nitrogenada de la ribosa, i del fosfat que formen part del nucleòtid adjacent, en adreça 5', respecte al que ocupa el centre actiu. En aquesta posició l'enzim mostra preferència per nucleòtids de purina. La catàlisi de la reacció té lloc per l'acció de dos histidines del centre catalític, His-12 i His-119, que actuen mitjançant un mecanisme àcid-base concertat, mentre que en el centre adjacent d'interacció de fosfat p2 es troben la Lys-7 i la Arg-10. Els paràmetres cinètics determinats per a substrats de diferent longitud mostra que l'eficàcia catalítica depèn de la longitud dels oligonucleòtids i en el cas del substrat polimèric àcid policitidílic (poly C), anàloga al RNA, la reacció catalitzada per la RNasa A s'apropa al valor característic d'una reacció controlada per difusió. L'anàlisi dels productes de digestió del poly C al llarg del procés de catàlisi indiquen que l'enzim prefereix els substrats de major grandària