Anàlisi de la variabilitat de la caixa SOS en el Domini Bacteria

El sistema SOS de les cèl·lules bacterianes està constituït per una sèrie de gens els productes dels quals tenen com funció reparar el DNA i garantir la seva supervivència. Els gens que formen part d'aquest sistema estan regulats negativament per la proteïna LexA que s'uneix a una seqüència específica, la caixa SOS, localitzada en els seus promotors. Fins el moment, només es coneixen tres seqüències de caixes SOS que s'han identificat en E. coli, B. subtilis i la Classe Alfa de les Proteobacteries i que responen respectivament als palíndroms CTGTN\sub 8\nosub ACAG i GAACN\sub 4\nosub GTTC i a la repetició directa GTTCN\sub 7\nosub GTTC. No obstant això, anàlisis TBLASTN portats a terme per nosaltres en diferents bases de dades genòmiques han posat de manifest l'existència de proteïnes LexA en espècies bacterianes pertanyents a diversos grups filogenètics que la seva seqüencia N-terminal permet afirmar que deuen reconèixer una caixa SOS distinta a les citades. En el present projecte ens proposem aïllar el gen LexA de 11 espècies bacterianes representatives de 7 phyla del Domini Bacteria per a identificar les seves caixes SOS. Per això, i una vegada clonats, els diferents gens lexA s'expressaran en E. coli i amb l'objectiu de purificar les respectives proteïnes LexA, i utilitzar-les en experiments de retard de mobilitat electroforètica i protecció de DNA amb els promotors dels seus corresponents gens recA i lexA. La identificació de les diferents caixes SOS permetrà realitzar un estudi comparatiu entre elles i portar a terme, mitjançant els programes informàtics adequats, una primera aproximació de la seva distribució en els genomes de les espècies de les quals provenen amb la finalitat d'avançar en el coneixement de l'evolució del nombre i tipus de gens del sistema de reparació SOS en el Domini Bacteria