Sònia Casillas

Telèfon34-93-581 1233, 34-93-581 2011

Parc de Recerca, Mòdul B
08193 Bellaterra (Cerdanyola del Vallès)

Acceptar estudiants de doctorat

Projectes de doctorat

1. Population genomics of life diversity
- Analyze and represent genome variation and signatures of selection in different species (PopLife project).
- Define parameters that measure the adaptive potential of a genome.

2. Human population genomics
- Test whether human adaptation events have occurred either steadily or in burst periods along our evolutionary history.
- Functionally characterize candidate regions and genetic variants under selection.

3. Population genomics and multiomics
- Disentangle the complex relationship between 3D chromosome folding, nucleotide variation, and adaptation.

Disposat a parlar amb els mitjans de comunicació

h-index

Producció científica per any

33 Article
3 Capítol
1 Article de revisió
1 Altres contribucions
Més
- 1 Preprint

39 resultats

2024
Footprints of worldwide adaptation in structured populations of D. melanogaster through the expanded DEST 2.0 genomic resource
Nunez, J. C. B., Coronado-Zamora, M., Gautier, M., Kapun, M., Steindl, S., Ometto, L., Hoedjes, K. M., Beets, J., Wiberg, R. A. W., Mazzeo, G. R., Bass, D. J., Radionov, D., Kozeretska, I., Zinchenko, M., Protsenko, O., Serga, S., Amor-Jimenez, C., Casillas, S., Sanchez-Gracia, A. & Patenkovic, A. I 81 altres, Glaser-Schmitt, A., Barbadilla, A., Buendia-Ruiz, A. J., Bertelli, A. C., Kiss, B., Önder, B. S., Matrin, B. R., Wertheim, B., Deschamps, C., Arboleda-Bustos, C. E., Tinedo, C., Feller, C., Schlötterer, C., Lawler, C., Fricke, C., Vieira, C. P., Vieira, C., Obbard, D. J., Orengo, D., Vela, D., Amat, E., Loreto, E., Kerdaffrec, E., Mitchell, E. D., Puerma, E., Staubach, F., Camus, F., Colinet, H., Hrcek, J., Sørensen, J. G., Abbott, J., Torro, J., Parsch, J., Vieira, J., Olmo, J. L., Khfif, K., Wojciechowski, K., Madi-Ravazzi, L., Kankare, M., Schou, M. F., Ladoukakis, M., Gomez-Julian, M. J., Espinosa-Jimenez, M. L., Garcia-Guerreiro, M. P., Parakatselaki, M.-E., Veselinovic, M. S., Tanaskovic, M., Stamenkovic-Radak, M., Paris, M., Pascual, M., Ritchie, M. G., Rera, M., Jelić, M., Ansari, M. H., Rakic, M., Merenciano, M., Hernandes, N., Gora, N., Rode, N., Rota-Stabelli, O., Sepulveda, P., Gibert, P., Carazo, P., Kohlmeier, P., Erickson, P. A., Vitalis, R., Torres, R., Guirao-Rico, S., Ramos-Onsins, S. E., Castillo, S., Paulo, T. F., Tyukmaeva, V., Alonso, Z., Alatortsev, V., Pasyukova, E., Mukha, D., Petrov, D., Schmidt, P., Flatt, T., Bergland, A. O. & Gonzalez, J., 11 de nov. 2024, 59 pàg. (bioRxiv).
Producció científica: Document de treball › Preprint
Multiple Genomic Landscapes of Recombination and Genomic Divergence in Wild Populations of House Mice—The Role of Chromosomal Fusions and Prdm9
Marín-García, C., Álvarez-González, L., Marín-Gual, L., Casillas, S., Picón, J., Yam, K., Garcias-Ramis, M. M., Vara, C., Ventura, J., Ruiz-Herrera, A. & Larracuente, A. (Editor), 1 d’abr. 2024, In: Molecular Biology and Evolution. 41, 4, 16 pàg., msae063.
Producció científica: Contribució a revista › Article › Recerca › Avaluat per experts

Accés Obert
1 Citació (Scopus)
2023
An efficient and robust ABC approach to infer the rate and strength of adaptation
Murga-Moreno, J., Casillas, S., Barbadilla, A., Uricchio, L. & Enard, D., 28 de set. 2023, 39 pàg.
Producció científica: Altres contribucions
2022
impMKT: the imputed McDonald and Kreitman test, a straightforward correction that significantly increases the evidence of positive selection of the McDonald and Kreitman test at the gene level
Murga-Moreno, J., Coronado-Zamora, M., Casillas, S. & Barbadilla, A., d’oct. 2022, In: G3: Genes, Genomes, Genetics. 12, 10, 14 pàg., jkac206.
Producció científica: Contribució a revista › Article › Recerca › Avaluat per experts

Accés Obert
4 Cites (Scopus)
PopHumanVar: An interactive application for the functional characterization and prioritization of adaptive genomic variants in humans
Colomer-Vilaplana, A., Murga-Moreno, J., Canalda-Baltrons, A., Inserte, C., Soto, D., Coronado-Zamora, M., Barbadilla, A. & Casillas, S., 7 de gen. 2022, In: Nucleic acids research. 50, D1, pàg. D1069-D1076 8 pàg.
Producció científica: Contribució a revista › Article › Recerca › Avaluat per experts

Accés Obert
2 Cites (Scopus)
PopHumanVar : una finestra al nostre passat
Colomer, A. & Casillas Viladerrams, S., 2022, In: UAB Divulga.
Producció científica: Contribució a revista › Article › Divulgació

Accés Obert
2021
Drosophila Evolution over Space and Time (DEST) - A New Population Genomics Resource
Kapun, M., Nunez, J. C. B., Bogaerts-Márquez, M., Murga-Moreno, J., Paris, M., Outten, J., Coronado-Zamora, M., Tern, C., Rota-Stabelli, O., García Guerreiro, M. P., Casillas, S., Orengo, D. J., Puerma, E., Kankare, M., Ometto, L., Loeschcke, V., Onder, B. S., Abbott, J. K., Schaeffer, S. W. & Rajpurohit, S. I 31 altres, Behrman, E. L., Schou, M. F., Merritt, T. J. S., Lazzaro, B. P., Glaser-Schmitt, A., Argyridou, E., Staubach, F., Wang, Y., Tauber, E., Serga, S. V., Fabian, D. K., Dyer, K. A., Wheat, C. W., Parsch, J., Grath, S., Veselinovic, M. S., Stamenkovic-Radak, M., Jelic, M., Buendía-Ruíz, A. J., Gómez-Julián, M. J., Espinosa-Jimenez, M. L., Gallardo-Jiménez, F. D., Patenkovic, A., Eric, K., Tanaskovic, M., Ullastres, A., Guio, L., Merenciano, M., Guirao-Rico, S., Horváth, V. & Barbadilla Prados, A., 9 de des. 2021, In: Molecular Biology and Evolution. 38, 12, pàg. 5782-5805 24 pàg.
Producció científica: Contribució a revista › Article › Recerca › Avaluat per experts

Accés Obert
30 Cites (Scopus)
2020
Germline de novo mutation rates on exons versus introns in humans
Rodriguez-Galindo, M., Casillas Viladerrams, S., Weghorn, D. & Barbadilla Prados, A., 2020, In: Nature Communications. 11
Producció científica: Contribució a revista › Article › Recerca › Avaluat per experts

Accés Obert
15 Cites (Scopus)
2019
Genome-Wide Patterns of Sequence Divergence of Protein-Coding Genes between Drosophila buzzatii and D. mojavensis
Guillén, Y., Casillas, S. & Ruiz, A., 7 de gen. 2019, In: Journal of Heredity. 110, 1, pàg. 92-101 10 pàg.
Producció científica: Contribució a revista › Article › Recerca › Avaluat per experts

Accés Obert
6 Cites (Scopus)
Identifiquen més de 800 noves regions del genoma que podrien ser rellevants en l'evolució humana
Casillas Viladerrams, S., Murga-Moreno, J., Coronado-Zamora, M. & Barbadilla Prados, A., 2019, In: UAB Divulga. pàg. 0001-3 3 pàg.
Producció científica: Contribució a revista › Article › Divulgació

Accés Obert
IMKT: The integrative McDonald and Kreitman test
Murga-Moreno, J., Coronado-Zamora, M., Hervas, S., Casillas, S. & Barbadilla, A., 1 de jul. 2019, In: Nucleic acids research. 47, W1, pàg. W283-W288
Producció científica: Contribució a revista › Article › Recerca › Avaluat per experts

Accés Obert
20 Cites (Scopus)
Large expert-curated database for benchmarking document similarity detection in biomedical literature search
2019, In: Database. 2019, pàg. 1-67 67 pàg.
Producció científica: Contribució a revista › Article › Recerca › Avaluat per experts

Accés Obert
21 Cites (Scopus)
La teoría neutralista de la evolución molecular, medio siglo después
Barbadilla Prados, A., Casillas Viladerrams, S. & Ruiz Panadero, A., de febr. 2019, In: Investigación y Ciencia. 509, pàg. 52-60 9 pàg.
Producció científica: Contribució a revista › Article › Divulgació
PopHumanScan: The online catalog of human genome adaptation
Murga-Moreno, J., Coronado-Zamora, M., Bodelón, A., Barbadilla, A. & Casillas, S., 8 de gen. 2019, In: Nucleic Acids Research. 47, D1, pàg. D1080-D1089
Producció científica: Contribució a revista › Article › Recerca › Avaluat per experts

Accés Obert
23 Cites (Scopus)
2018
PopHuman: The human population genomics browser
Casillas, S., Mulet, R., Villegas-Mirón, P., Hervas, S., Sanz, E., Velasco, D., Bertranpetit, J., Laayouni, H. & Barbadilla, A., 1 de gen. 2018, In: Nucleic Acids Research. 46, D1, pàg. D1003-D1010 8 pàg.
Producció científica: Contribució a revista › Article › Recerca › Avaluat per experts

Accés Obert
25 Cites (Scopus)
PopHuman : navegador de referència de la variació genètica humana
Casillas Viladerrams, S. & Barbadilla Prados, A., 2018, In: UAB Divulga. pàg. 0001-3 3 pàg.
Producció científica: Contribució a revista › Article › Divulgació

Accés Obert
2017
Molecular population genetics
Casillas, S. & Barbadilla, A., de març 2017, In: Genetics. 205, 3, pàg. 1003-1035 33 pàg.
Producció científica: Contribució a revista › Article de revisió › Recerca › Avaluat per experts

Accés Obert
77 Cites (Scopus)
PopFly: the Drosophila population genomics browser
Hervas, S., Sanz, E., Casillas, S., Pool, J. E. & Barbadilla, A., 1 de set. 2017, In: Bioinformatics (Oxford, England). 33, 17, pàg. 2779-2780 2 pàg.
Producció científica: Contribució a revista › Article › Recerca › Avaluat per experts

Accés Obert
27 Cites (Scopus)
2015
Human inversions and their functional consequences
Puig Font, M., Casillas Viladerrams, S., Villatoro, S. & Cáceres Aguilar, M., 2015, In: Briefings in Functional Genomics. 14, 5, pàg. 0369-379 11 pàg.
Producció científica: Contribució a revista › Article › Recerca › Avaluat per experts

Accés Obert
89 Cites (Scopus)
2014
Genomics of ecological adaptation in cactophilic Drosophila
Guillén, Y., Rius, N., Delprat, A., Williford, A., Muyas, F., Puig, M., Casillas, S., Ràmia, M., Egea, R., Negre, B., Mir, G., Camps, J., Moncunill, V., Ruiz-Ruano, F. J., Cabrero, J., De Lima, L. G., Dias, G. B., Ruiz, J. C., Kapusta, A. & Garcia-Mas, J. I 10 altres, Gut, M., Gut, I. G., Torrents, D., Camacho, J. P., Kuhn, G. C. S., Feschotte, C., Clark, A. G., Betrán, E., Barbadilla, A. & Ruiz, A., 27 de des. 2014, In: Genome Biology and Evolution. 7, 1, pàg. 349-366 18 pàg.
Producció científica: Contribució a revista › Article › Recerca › Avaluat per experts

Accés Obert
41 Cites (Scopus)
InvFEST, a database integrating information of polymorphic inversions in the human genome
Martínez-Fundichely, A., Casillas, S., Egea, R., Ràmia, M., Barbadilla, A., Pantano, L., Puig, M. & Cáceres, M., 1 de gen. 2014, In: Nucleic Acids Research. 42, D1, pàg. D1027-D1032 6 pàg.
Producció científica: Contribució a revista › Article › Recerca › Avaluat per experts

Accés Obert
35 Cites (Scopus)
2013
The genome sequencing of an albino Western lowland gorilla reveals inbreeding in the wild
Prado-Martinez, J., Hernando-Herraez, I., Lorente-Galdos, B., Dabad, M., Ramirez, O., Baeza-Delgado, C., Morcillo-Suarez, C., Alkan, C., Hormozdiari, F., Raineri, E., Estellé, J., Fernandez-Callejo, M., Valles, M., Ritscher, L., Schöneberg, T., de la Calle-Mustienes, E., Casillas, S., Rubio-Acero, R., Melé, M. & Engelken, J. I 11 altres, Caceres, M., Gomez-Skarmeta, J. L., Gut, M., Bertranpetit, J., Gut, I. G., Abello, T., Eichler, E. E., Mingarro, I., Lalueza-Fox, C., Navarro, A. & Marques-Bonet, T., 31 de maig 2013, In: BMC Genomics. 14, 1, 363.
Producció científica: Contribució a revista › Article › Recerca › Avaluat per experts

Accés Obert
45 Cites (Scopus)
2012
PopDrowser: The population drosophila browser
Ràmia, M., Librado, P., Casillas, S., Rozas, J. & Barbadilla, A., de febr. 2012, In: Bioinformatics. 28, 4, pàg. 595-596 2 pàg., btr691.
Producció científica: Contribució a revista › Article › Recerca › Avaluat per experts
15 Cites (Scopus)
The Drosophila melanogaster Genetic Reference Panel
Mackay, T., Richards, S., Stone, E., Barbadilla, A., Ayroles, J., Zhu, D., Casillas, S., Han, Y., Magwire, M. & Cridland, J. M., 1 de febr. 2012, In: Nature. 482, 7384, pàg. 173-178
Producció científica: Contribució a revista › Article › Recerca

1162 Cites (Scopus)
2011
MASISH: A database for gene expression in maize seeds
Miquel, M., López-Ribera, I., Ràmia, M., Casillas, S., Barbadilla, A. & Vicient, C. M., de febr. 2011, In: Bioinformatics. 27, 3, pàg. 435-436 2 pàg., btq654.
Producció científica: Contribució a revista › Article › Recerca › Avaluat per experts
2 Cites (Scopus)
2008

La bioinformàtica en l'estudi de la diversitat genètica
Casillas Viladerrams, S., 2008, In: UAB Divulga. pàg. 0001-2 2 pàg.
Producció científica: Contribució a revista › Article › Divulgació

Accés Obert
Standard and generalized McDonald-Kreitman test: a website to detect selection by comparing different classes of DNA sites.
Egea, R., Casillas, S. & Barbadilla, A., 1 de jul. 2008, In: Nucleic acids research. 36, pàg. W157-162 8 pàg.
Producció científica: Contribució a revista › Article › Recerca › Avaluat per experts

Accés Obert
116 Cites (Scopus)
2007
Drosophila polymorphism database (DPDB) a portal for nucleotide polymorphism in Drosophila
Casillas, S., Egea, R., Petit, N., Bergman, C. M. & Barbadilla, A., 2007, In: Fly. 1, 4, pàg. 205-211 7 pàg.
Producció científica: Contribució a revista › Article › Recerca › Avaluat per experts
3 Cites (Scopus)
MamPol: A database of nucleotide polymorphism in the Mammalia class
Egea, R., Casillas, S., Fernández, E., Senar, M. À. & Barbadilla, A., de gen. 2007, In: Nucleic acids research. 35, SUPPL. 1, pàg. D624-D629
Producció científica: Contribució a revista › Article › Recerca › Avaluat per experts
5 Cites (Scopus)
Protein polymorphism is negatively correlated with conservation of intronic sequences and complexity of expression patterns in Drosophila melanogaster
Petit, N., Casillas, S., Ruiz, A. & Barbadilla, A., de maig 2007, In: Journal of Molecular Evolution. 64, 5, pàg. 511-518 8 pàg.
Producció científica: Contribució a revista › Article › Recerca › Avaluat per experts
5 Cites (Scopus)
Purifying selection maintains highly conserved noncoding sequences in Drosophila
Casillas, S., Barbadilla, A. & Bergman, C. M., d’oct. 2007, In: Molecular Biology and Evolution. 24, 10, pàg. 2222-2234 13 pàg.
Producció científica: Contribució a revista › Article › Recerca › Avaluat per experts
53 Cites (Scopus)
2006
Fast sequence evolution of Hox and Hox-derived genes in the genus Drosophila
Casillas, S., Negre, B., Barbadilla, A. & Ruiz, A., 12 de des. 2006, In: BMC Evolutionary Biology. 6, 15 pàg., 106.
Producció científica: Contribució a revista › Article › Recerca › Avaluat per experts

Accés Obert
10 Cites (Scopus)
PDA v.2: Improving the exploration and estimation of nucleotide polymorphism in large datasets of heterogeneous DNA
Casillas, S. & Barbadilla, A., de jul. 2006, In: Nucleic Acids Research. 34, WEB. SERV. ISS., pàg. W632-W634 3 pàg.
Producció científica: Contribució a revista › Article › Recerca › Avaluat per experts

Accés Obert
6 Cites (Scopus)
2005
Conservation of regulatory sequences and gene expression patterns in the disintegrating Drosophila Hox gene complex
Negre, B., Casillas, S., Suzanne, M., Sánchez-Herrero, E., Akam, M., Nefedov, M., Barbadilla, A., De Jong, P. & Ruiz, A., 1 de maig 2005, In: Genome Research. 15, 5, pàg. 692-700 9 pàg.
Producció científica: Contribució a revista › Article › Recerca › Avaluat per experts

Accés Obert
47 Cites (Scopus)
DPDB: A database for the storage, representation and analysis of polymorphism in the Drosophila genus
Casillas, S., Petit, N. & Barbadilla, A., 1 de set. 2005, In: Bioinformatics. 21, SUPPL. 2, pàg. ii26-ii30 5 pàg.
Producció científica: Contribució a revista › Article › Recerca › Avaluat per experts

Accés Obert
12 Cites (Scopus)
2004

Caracterización genómica de las reordenaciones del complejo de genes Hox en Drosophila
Ruiz, A., Negre, B., González, J., Casillas, S., Barbadilla, A., Casals, F., Delprat, A., Calvete, O., Nefedov, M., de Jong, P., Bosdet, I., Schein, J. E. & Hoskins, R. A., 1 de gen. 2004, Libro de reúmenes del "XV Seminario de Genética de Poblaciones y Evolución". 1 ed. pàg. -
Producció científica: Tipus de contribució a llibres o informes › Capítol › Recerca
PDA: A pipeline to explore and estimate polymorphism in large DNA databases
Casillas, S. & Barbadilla, A., 1 de jul. 2004, In: Nucleic Acids Research. 32, pàg. W166-W169 4 pàg.
Producció científica: Contribució a revista › Article › Recerca › Avaluat per experts

Accés Obert
15 Cites (Scopus)
Rearrangement of the Drosophila Hox gene complex: genomic characterization of the labial-proboscipedia split in \i Drosophila buzzatii \i0
Negre, B., Casillas, S., Barbadilla, A., Nefedov, M., de Jong, P. & Ruiz, A., 1 de gen. 2004, Libro de resúmenes del "Genomes and Evolution 2004 - Congress of the Society for Molecular Biology and Evolution, and The American Genetics Association". 1 ed. pàg. -
Producció científica: Tipus de contribució a llibres o informes › Capítol › Recerca
Reorganització del complex de gens Hox a Drosophila
Negre, B., Casillas, S., Barbadilla, A., Nefedov, M., de Jong, P. & Ruiz, A., 1 de gen. 2004, Libro de resúmenes del "XII Seminari Conjunt de les Seccions de Biologia Molecular i de Biologia del Desenvolupament". 1 ed. Barcelona (ES), pàg. -
Producció científica: Tipus de contribució a llibres o informes › Capítol › Recerca

Sònia Casillas

Producció científica

Resultats de la cerca