L'activitat de la Dra. Aurora Ruiz-Herrera se centra en la comprensió dels aspectes estructurals, funcionals i evolutius de l'organització del genoma, amb una especial atenció a la línia germinal pel seu paper en la transmissió de la informació genètica al llarg de les generacions. Va defensar la seva tesi doctoral l'any 2003 a la Universitat Autònoma de Barcelona (UAB), amb el suport d'una beca PIF. Després de dues etapes postdoctorals a Sud-àfrica (Universitat de Stellenbosch) i Itàlia (Universitat de Pavia), finançades respectivament per una beca Fulbright/MEC i una Intra-European Fellowship de la Comissió Europea, es va incorporar a la UAB, on actualment lidera el seu grup de recerca. L'any 2025 va ser nomenada catedràtica a la mateixa universitat.

Des de 2009 ha tutoritzat més de 90 estudiants en formació (grau, màster i doctorat), 7 investigadors postdoctorals i ha acollit nombrosos investigadors i visitants procedents dels Estats Units, el Regne Unit, Bèlgica, Itàlia, Polònia, Sud-àfrica, Brasil, Xile, Cuba i Colòmbia. Ha participat en més de 40 projectes de recerca, tant nacionals com internacionals, i ha estat implicada en contractes de transferència de coneixement i tecnologia, així com en activitats de col·laboració amb la indústria. Entre aquests projectes destaquen iniciatives de seqüenciació a gran escala de diverses espècies de vertebrats, incloent-hi el linx ibèric, en perill crític d’extinció, grans simis, marsupials, tortugues i peixos teleostis. Fins avui, ha coautoritzat més de 100 articles indexats al JCR, publicats en revistes com Nature, Cell, Cell Reports, Nature Ecology & Evolution, Nature Communications, PNAS, Genome Biology, Genome Research i Molecular Biology and Evolution, entre d’altres. També ha impartit més de 90 conferències convidades o seleccionades en congressos i escoles avançades de 21 països, i ha contribuït amb més de 260 comunicacions presentades en reunions científiques nacionals i internacionals.

La Dra. Aurora Ruiz-Herrera participa en activitats docents des de 1998, tant en estudis de grau com de postgrau, en àrees com Biologia, Genètica, Biologia Cel·lular, Histologia, Primatologia i Evolució del Genoma. Cal destacar la seva participació en programes de doctorat nacionals i internacionals, com ara el Màster i Programa de Doctorat en Genètica, Biologia Molecular i Biologia Cel·lular de la Universitat de Pavia (Itàlia) i la Graduate School of Population Genetics de Viena (Àustria). Així mateix, ha exercit diverses responsabilitats institucionals, entre les quals destaquen el càrrec de vicedegana de la Facultat de Biociències de la UAB (2023-2025), sotscoordinadora del Grau de Biologia (2020-2023), coordinadora del programa d’intercanvi del Grau de Biologia (2020-2023) i coordinadora de cursos de postgrau a la UAB des de 2010.

La Dra. Aurora Ruiz-Herrera ha estat coeditora en cap de la revista Heredity (2022-2026) i revisora ad hoc de diverses revistes científiques (més de 250 articles revisats), així com avaluadora de projectes per a agències governamentals i organismes de finançament de la recerca (més de 60 projectes) de la Unió Europea, els Estats Units, Espanya, el Regne Unit, la República Txeca, Àustria, els Països Baixos i la Danish National Research Foundation, entre d’altres. És membre numerària de la Genetics Society (Regne Unit) i forma part de la Junta Directiva de la Sociedad Española de Genética (SEG), on ha coordinat el IX (2023) i el X (2025) Curso Nacional de Genética. També és coordinadora de la Secció de Biologia Evolutiva de la Societat Catalana de Biologia (SCB) i membre del Comitè General de la iniciativa Tree of Sex (ToS). A més, participa en diversos consorcis nacionals i internacionals, entre els quals destaquen el Vertebrate Genomes Project (VGP), ERGA (i ERGA-ES), la iniciativa catalana de l’Earth BioGenome Project i Conexión Genoma (Redes Científicas del CSIC).